المقوقس في التاريخ الإسلامي هو عظيم القبط في مصر وكان في فترة ما قبل وأثناء الفتح العربي الإسلامي في مصر، ولم تكن كلمة “المقوقس” اسماً فقط لرجل، إنما كانت لقبا أو اسما لوظيفة التي يقوم بها، أي بمعنى أي شخص ينوب مكانه سيطلق عليه نفس هذا اللقب، فهي كلمة يونانية معناها المفخم أو المبجل كما نقول اليوم: صاحب الجلالة أو السمو، أو عظمة السلطان أو فخامة الرئيس. وقد ظهر هذا اللفظ أول ما ظهر في تاريخنا في رسالة النبي محمد إلى المقـوقس عظيم القبط، ثم عاد إلى الظهور مرة أخرى في أحداث فتح مصر.
هو أيضا البطرك كيرس أو سايروس اليوناني وقد كان بطريرك ملكاني متولي كرسي كنيسة الإسكندرية المصري في القرن السابع، وأحد واضعي عقيدة المشيئة الواحدة، وآخر حاكم بيزنطي لمصر، وكان هيرقليوس (هرقل) هو إمبراطور بيزنطة الذي قد عينه والياً على مصر وبطريرك على كنيسة الإسكندرية في عام 631 وكان ضد رغبة الأقباط الذين كانوا جميعهم يتبعون المذهب اليعقوبي، وقد توفي في عام 641 ميلادي.
أرسل النبي -صلى الله عليه وسلم- إلى المقوقس رسالة وقد جاء فيها ما يأتي:
«بسم الله الرحمن الرحيم. من محمد رسول الله إلى المـقوقس عظيم القبط: سلام على من اتبع الهدى، أما بعد فإني أدعوك بدعوة الإسلام، أسلم تسلم يؤتك الله أجرك مرتين، ﴿قُلْ يَا أَهْلَ الْكِتَابِ تَعَالَوْا إِلَى كَلِمَةٍ سَوَاءٍ بَيْنَنَا وَبَيْنَكُمْ أَلَّا نَعْبُدَ إِلَّا اللَّهَ وَلَا نُشْرِكَ بِهِ شَيْئًا وَلَا يَتَّخِذَ بَعْضُنَا بَعْضًا أَرْبَابًا مِنْ دُونِ اللَّهِ فَإِنْ تَوَلَّوْا فَقُولُوا اشْهَدُوا بِأَنَّا مُسْلِمُونَ﴾
وتقول الرواية الأخرى: إن المقوقس عندما قرأ الكتاب قد سأل حامله حاطب بن أبي بلتعة: ما منع صاحبك إن كان نبيا أن يدعو على من أخرجوه من بلده فيسلط الله سبحانه وتعالى عليهم السوء؟ وفعندها قال حاطب: وما منع عيسى أن يدعو على الذين تآمروا عليه ليقتلوه فيسلط الله عليهم ما يستحقون؟ قال المقوقس: أنت حكيم جئت من عند حكيم، استقبل المقوقس الرسالة بالإكرام وأهدى جاريتين هما مارية القبطية وسيرين بنت شمعون.
